Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CPD-201ENST00000225719 9394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FAM151A-202ENST00000371304 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GCM2-201ENST00000379491 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PSMB10-201ENST00000358514 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL035696.2-201ENST00000407941 709 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NAGK-204ENST00000443872 878 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 IGHV3-37-201ENST00000518544 340 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC092139.2-201ENST00000563750 754 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC005632.3-201ENST00000605544 308 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CIDEC-202ENST00000383817 1199 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC13.9□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 BUD31-205ENST00000456893 512 ntTSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
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