Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 LINC00115-201ENST00000473798 1317 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 UPK1A-201ENST00000222275 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 UPK1A-202ENST00000379013 1016 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 IGHV5-51-201ENST00000390626 410 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RPS27L-203ENST00000439025 970 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NMNAT3-213ENST00000512391 794 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 F11R-204ENST00000537746 1245 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 VENTXP3-201ENST00000546480 773 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TPM1-220ENST00000559556 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CMC2-204ENST00000562713 573 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CMC2-209ENST00000565108 399 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC115099.1-201ENST00000570413 362 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AL627230.2-201ENST00000613254 655 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 NMBR-201ENST00000258042 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 HIST1H1D-201ENST00000244534 666 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 RNF216P1-212ENST00000493407 659 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 TNFSF13B-206ENST00000542136 495 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 AC073578.2-201ENST00000618927 464 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CUX1P39880 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LIPA-205ENST00000456827 2527 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CLN8-204ENST00000519254 1769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 UQCC2-201ENST00000374214 432 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TCEA3-201ENST00000374601 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC063952.3-201ENST00000467756 308 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC005845.1-201ENST00000539206 653 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC130456.3-201ENST00000561762 633 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 DGAT2L7P-201ENST00000602462 744 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AL078590.3-205ENST00000606039 465 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 ZDHHC6-201ENST00000369404 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GOLGA8K-202ENST00000512626 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 GOLGA8T-202ENST00000569052 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC006987.1-201ENST00000413610 527 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 STK24P1-201ENST00000455035 1291 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC083801.1-201ENST00000491689 358 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 HMGCLL1-208ENST00000508459 884 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 TADA3-204ENST00000440161 1617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CUX1P39880 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms