Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.415e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.365e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-214ENST00000560968 3030 ntTSL 1 (best)17.21■□□□□ 0.345e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 ESPN-210ENST00000478323 270 ntTSL 516.86■□□□□ 0.295e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 PRPF8-216ENST00000577001 3274 ntTSL 516.68■□□□□ 0.265e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 ESPN-213ENST00000632803 455 ntTSL 316.67■□□□□ 0.265e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 ESPN-212ENST00000632593 506 ntTSL 216.62■□□□□ 0.255e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-207ENST00000540108 3039 ntTSL 1 (best)16.5■□□□□ 0.235e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-201ENST00000257555 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.055e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC14.36□□□□□ -0.115e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-215ENST00000553237 952 ntTSL 214.01□□□□□ -0.175e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-208ENST00000541395 3332 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.185e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-210ENST00000543255 762 ntTSL 513.77□□□□□ -0.215e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.235e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.245e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.315e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-205ENST00000538626 582 ntTSL 1 (best)12.97□□□□□ -0.335e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-213ENST00000544574 725 ntTSL 1 (best)12.97□□□□□ -0.335e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-203ENST00000546489 776 ntTSL 512.08□□□□□ -0.485e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 AKT1-212ENST00000555380 534 ntTSL 411.22□□□□□ -0.615e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 EDF1-201ENST00000224073 640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.615e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 C19orf48-212ENST00000600373 709 ntTSL 211□□□□□ -0.655e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 C19orf48-205ENST00000596287 827 ntTSL 210.56□□□□□ -0.725e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-204ENST00000535955 434 ntTSL 1 (best)10.39□□□□□ -0.755e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 PRPF8-215ENST00000576958 416 ntTSL 210.22□□□□□ -0.775e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SDR39U1-207ENST00000553937 217 ntTSL 38.31□□□□□ -1.082e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-213ENST00000552713 685 ntTSL 26.97□□□□□ -1.295e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MIR6759-201ENST00000638110 65 ntBASIC-0.69□□□□□ -2.525e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 NAP1L4-206ENST00000469089 707 ntTSL 312.71□□□□□ -0.379e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 WDR43-205ENST00000446643 579 ntTSL 45.13□□□□□ -1.594e-7■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 GPT2-205ENST00000569193 3205 ntTSL 1 (best)14.48□□□□□ -0.098e-7■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FGFR3-207ENST00000474521 545 ntTSL 215.89■□□□□ 0.138e-19■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CCNL2-206ENST00000463260 1941 ntTSL 1 (best)14.9□□□□□ -0.021e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 TPX2-202ENST00000340513 3605 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.252e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 TPX2-201ENST00000300403 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.32e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 WNK2-208ENST00000453718 1937 ntTSL 517.3■□□□□ 0.364e-7■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 WNK2-214ENST00000474009 561 ntTSL 315.23■□□□□ 0.034e-7■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CPNE1-223ENST00000475146 627 ntTSL 321.44■■□□□ 1.029e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.415e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 XPO7-201ENST00000252512 4861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.085e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-206ENST00000491074 3962 ntTSL 1 (best)12.66□□□□□ -0.385e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 XPO7-202ENST00000433566 4519 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.515e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FAM114A1-206ENST00000515037 1431 ntTSL 2 BASIC8.79□□□□□ -15e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FAM114A1-201ENST00000358869 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.31□□□□□ -1.085e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-209ENST00000613960 1010 ntTSL 5 BASIC7.56□□□□□ -1.25e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FAM114A1-202ENST00000508737 1242 ntTSL 1 (best)7.44□□□□□ -1.225e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FAM114A1-204ENST00000512889 621 ntTSL 37.09□□□□□ -1.275e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-201ENST00000264065 20129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.32□□□□□ -1.725e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-202ENST00000418559 2988 ntTSL 1 (best)4.3□□□□□ -1.725e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 XPO7-203ENST00000517551 883 ntTSL 53.99□□□□□ -1.775e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 PGM3-209ENST00000509219 753 ntTSL 53.84□□□□□ -1.795e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DNAJC10-203ENST00000444005 605 ntTSL 43.53□□□□□ -1.845e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 PGM3-206ENST00000507404 225 ntTSL 53.44□□□□□ -1.865e-8■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 ETV4-207ENST00000586764 581 ntTSL 313.57□□□□□ -0.248e-10■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-211ENST00000441194 916 ntTSL 516.7■□□□□ 0.263e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-210ENST00000439048 609 ntTSL 516.35■□□□□ 0.213e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-205ENST00000422685 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 516.21■□□□□ 0.193e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-213ENST00000448660 776 ntTSL 516.21■□□□□ 0.193e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-208ENST00000437002 933 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.96□□□□□ -0.013e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 MMS19-217ENST00000483626 884 ntTSL 59.16□□□□□ -0.943e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HMGCS1-201ENST00000325110 3506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.132e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HMGCS1-202ENST00000433297 3466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.352e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FTCD-208ENST00000480950 318 ntTSL 322.52■■□□□ 1.24e-15■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 FTCD-207ENST00000469240 458 ntTSL 317.72■□□□□ 0.434e-15■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.145e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.345e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 GSPT1-208ENST00000565267 1864 ntTSL 58.9□□□□□ -0.985e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 GSPT1-206ENST00000563468 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.52□□□□□ -1.055e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 GSPT1-201ENST00000420576 1603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.97□□□□□ -1.135e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CPNE1-215ENST00000437100 826 ntTSL 513.69□□□□□ -0.225e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CPNE1-208ENST00000414711 673 ntTSL 513.22□□□□□ -0.295e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.35e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AL109827.1-202ENST00000441563 611 ntAPPRIS ALT2 TSL 29.23□□□□□ -0.935e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AL109827.1-201ENST00000454607 679 ntAPPRIS ALT2 TSL 29.23□□□□□ -0.935e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CPNE1-214ENST00000435747 400 ntTSL 38.82□□□□□ -15e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.25e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.175e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.745e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.534e-9■□□□□ 11
SF3A3Q12874 MMD-202ENST00000571578 670 ntTSL 315.51■□□□□ 0.074e-9■□□□□ 11
SF3A3Q12874 PROC-204ENST00000419985 500 ntTSL 419.55■□□□□ 0.724e-10■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CHD8-210ENST00000555962 1232 ntTSL 58.29□□□□□ -1.081e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 NSD2-221ENST00000511904 690 ntTSL 56.79□□□□□ -1.321e-18■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.016e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.056e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AK2-215ENST00000629371 3576 ntTSL 3 BASIC11.52□□□□□ -0.576e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 AK2-202ENST00000373449 3586 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.586e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SLC35E2B-202ENST00000481276 2199 ntTSL 215.87■□□□□ 0.132e-10■□□□□ 11
SF3A3Q12874 HGD-209ENST00000492108 631 ntTSL 27.03□□□□□ -1.282e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 ASXL1-207ENST00000553345 809 ntTSL 510.6□□□□□ -0.712e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 ASXL1-209ENST00000555564 658 ntTSL 49.72□□□□□ -0.852e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 ASB1-205ENST00000468122 493 ntTSL 58.99□□□□□ -0.972e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 ARHGAP17-215ENST00000575283 2213 ntTSL 213.89□□□□□ -0.194e-7■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.771e-8■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CYTH1-206ENST00000586299 4423 nt15.45■□□□□ 0.067e-10■□□□□ 11
SF3A3Q12874 PTMA-210ENST00000467816 378 ntTSL 212.76□□□□□ -0.377e-10■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CYTH1-207ENST00000586430 573 ntTSL 39.07□□□□□ -0.967e-10■□□□□ 11
SF3A3Q12874 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.242e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 SLC12A4-213ENST00000573702 633 ntTSL 412.71□□□□□ -0.372e-6■□□□□ 11
SF3A3Q12874 IGF2BP2-210ENST00000494906 918 ntTSL 58.46□□□□□ -1.069e-7■□□□□ 11
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