Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMD1Q9UGP4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMD1Q9UGP4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMD1Q9UGP4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms