Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC39Q9UFE4 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC39Q9UFE4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms