Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
CHD3Q12873 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CHD3Q12873 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
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