Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VIMP08670 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VIMP08670 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VIMP08670 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VIMP08670 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VIMP08670 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VIMP08670 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VIMP08670 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
VIMP08670 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VIMP08670 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VIMP08670 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VIMP08670 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VIMP08670 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VIMP08670 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VIMP08670 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms