Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CCDC51-206ENST00000447018 1461 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NUPL2-202ENST00000410002 680 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 OGFR-AS1-201ENST00000431361 668 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC069208.1-205ENST00000456299 576 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PLS3-210ENST00000626746 216 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 VASH2-204ENST00000366966 1369 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC084030.1-201ENST00000455068 561 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RN7SL530P-201ENST00000485097 298 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A21P-201ENST00000510875 1396 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A15P-201ENST00000514465 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A6P-201ENST00000515148 1394 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A16P-201ENST00000526662 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A9P-201ENST00000527940 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A5P-201ENST00000528738 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A14P-201ENST00000530386 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM90A13P-201ENST00000534703 1395 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CD1E-206ENST00000368161 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.7 ms