Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 LHX1-201ENST00000614239 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 BEND6-203ENST00000370748 3497 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CD6-201ENST00000313421 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 DNER-201ENST00000341772 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 EHD1-202ENST00000359393 3618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 SLC6A6P1-201ENST00000413933 1850 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 FBXO34-201ENST00000313833 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AC138969.2-201ENST00000532739 9932 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZBTB2-201ENST00000325144 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TNRC18-203ENST00000399537 10572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TNRC18-205ENST00000430969 10562 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 DSN1-207ENST00000448110 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 NTN4-201ENST00000343702 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TGIF2-201ENST00000373872 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 KCNN2-206ENST00000512097 3076 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ABCC6-208ENST00000622290 4941 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CCP110-203ENST00000396212 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CPT1B-202ENST00000360719 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AL122018.1-201ENST00000446607 2310 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 UNC13A-202ENST00000519716 9838 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 MEFV-201ENST00000219596 3499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CPSF7-201ENST00000340437 3695 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 SOX21-AS1-201ENST00000438290 3287 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC39Q9UFE4 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms