Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ARPC1A-201ENST00000262942 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LINC01671-201ENST00000419628 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 TIMP1-205ENST00000456754 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 TMBIM4-208ENST00000542724 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC020659.1-202ENST00000564432 531 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 THY1-209ENST00000580275 578 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 GNAO1-205ENST00000563661 1351 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC006372.4-201ENST00000624122 1543 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SPATA8-201ENST00000328504 1083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL121845.1-201ENST00000447343 464 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CSAG3-203ENST00000638835 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CSAG2-204ENST00000640702 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PIGF-202ENST00000306465 1061 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL672207.1-201ENST00000328462 1570 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PPM1N-205ENST00000401705 771 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 OR5BD1P-201ENST00000532527 817 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC079174.1-201ENST00000552486 312 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC134312.2-201ENST00000563521 608 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 POLR2L-201ENST00000322028 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HIGD1A-203ENST00000430190 741 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 ROPN1B-203ENST00000505382 713 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC010422.5-201ENST00000597961 585 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AL136040.2-201ENST00000618431 1130 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 AC114296.1-204ENST00000637197 1173 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CUX1P39880 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms