Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P32-201ENST00000396326 963 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 NUP98-203ENST00000359171 7023 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
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