Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SHOX2O60902 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SHOX2O60902 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms