Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 GLB1L2-205ENST00000535456 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ETV3-201ENST00000326786 1539 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 G3BP2-202ENST00000359707 4883 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CC2D1B-201ENST00000284376 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PTPN23-201ENST00000265562 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PCDH8-201ENST00000338862 3708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 WNT7B-201ENST00000339464 3919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF202-206ENST00000529691 3384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SF1-201ENST00000227503 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 DSN1-207ENST00000448110 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CABP4-201ENST00000325656 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP10-201ENST00000336498 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 ARAP3-201ENST00000239440 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-216ENST00000610831 2841 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 FIG4-201ENST00000230124 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SREBF1-202ENST00000355815 4253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC112Q8NEF3 SLC6A6P1-201ENST00000413933 1850 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 KCNG4-201ENST00000308251 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 RAB6C-201ENST00000410061 3075 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 H6PD-203ENST00000602477 5590 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ZNF362-201ENST00000373428 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LDB3-209ENST00000623056 2314 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.6 ms