Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC52A3-205ENST00000632431 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC29A1-201ENST00000371708 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ZBTB17-201ENST00000375733 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 DGCR9-201ENST00000609630 2415 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 WDR24-201ENST00000248142 2763 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CHRNEQ04844 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms