Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PURA-201ENST00000331327 11497 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NBPF26-208ENST00000620612 4602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC097374.1-201ENST00000568768 6624 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SH3KBP1-205ENST00000397821 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ADGRB2-205ENST00000398547 4857 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GTF2I-212ENST00000573035 4548 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 VPS36-207ENST00000611132 4607 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HIST1H2AG-201ENST00000359193 2250 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 JPH4-205ENST00000622501 3489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 EIF4G1-218ENST00000434061 5026 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TELO2-201ENST00000262319 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AGPAT3-205ENST00000398063 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PCDHGB7-201ENST00000398594 4765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms