Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AP003171.2-201ENST00000528208 925 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PAFAH1B3-202ENST00000538771 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
LHX3Q9UBR4 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 129.4 ms