Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PAK2-201ENST00000327134 6139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HDAC4P56524 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms