Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 KCTD18-202ENST00000409157 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AL353653.1-201ENST00000452336 638 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RN7SL672P-201ENST00000474091 317 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC008750.2-201ENST00000526996 627 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 DLK1-205ENST00000556051 469 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ZFP36-201ENST00000594045 690 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 B3GNTL1-201ENST00000320865 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 FKBP4P8-201ENST00000610931 1369 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 IFITM1-201ENST00000328221 844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PFN2-212ENST00000490975 858 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SEPHS2P1-201ENST00000511618 1162 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 TIMM10-202ENST00000525158 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 IFNL3P1-201ENST00000595082 501 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 EMP3-204ENST00000596315 761 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LINC00449-201ENST00000366259 872 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 NAT8B-201ENST00000377712 765 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SLC12A9-AS1-201ENST00000412754 369 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AL132657.1-201ENST00000432530 712 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC104964.1-201ENST00000520494 489 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AP003351.1-201ENST00000522743 668 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC002996.1-201ENST00000546840 784 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 GLIPR1L2-203ENST00000547164 509 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 BLOC1S1-202ENST00000548556 525 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC007728.1-202ENST00000564510 787 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 MYMX-201ENST00000573382 817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AL135936.1-201ENST00000617956 998 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SVOPL-202ENST00000419765 1523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 HNF1A-AS1-201ENST00000433033 612 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 GOLGA6L16P-201ENST00000441780 1299 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC107464.2-201ENST00000502923 569 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC018695.2-201ENST00000602789 498 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 MCM8-AS1-201ENST00000613522 983 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AL499606.1-201ENST00000627866 413 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LINC01012-203ENST00000628762 743 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 AC139713.2-207ENST00000641556 1292 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 CLP1-202ENST00000525602 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
COL6A3P12111 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.8 ms