Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
KLHL28Q9NXS3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
KLHL28Q9NXS3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.4 ms