Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4CQ96CF2 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
CHMP4CQ96CF2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP4CQ96CF2 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
CHMP4CQ96CF2 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.96
CHMP4CQ96CF2 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms