Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 ZNF202-207ENST00000530393 3564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 H3F3B-201ENST00000254810 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 LINC00442-202ENST00000456737 2063 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PCNX4-202ENST00000391611 4073 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 FAM225A-202ENST00000453010 5625 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MSH6-214ENST00000616033 3429 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 RBM15-205ENST00000618772 3431 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 TMBIM6-217ENST00000549385 2771 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NLRC3-202ENST00000359128 6401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 SERPINI1-201ENST00000295777 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ANKZF1-202ENST00000409849 2155 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ARFGEF1-201ENST00000262215 7225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 BAG6-247ENST00000439687 3104 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CPNE1-201ENST00000317677 1961 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NCDN-201ENST00000356090 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NLRP2-204ENST00000391721 3420 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NFKB1-202ENST00000394820 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KLB-201ENST00000257408 6082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 WDR62-203ENST00000401500 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ST8SIA1-203ENST00000396037 9714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 XRRA1-207ENST00000527087 2505 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 SEPT9-201ENST00000329047 4453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC004241.1-201ENST00000547799 3299 ntTSL 5 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 DPP3-211ENST00000532677 3078 ntTSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ADNP-203ENST00000396029 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 INPP5J-201ENST00000331075 3347 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 RPL27A-201ENST00000314138 4916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NUB1-201ENST00000413040 3180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CCDC13-201ENST00000310232 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ILDR1-201ENST00000273691 2659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.49□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 VILL-201ENST00000283713 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ZNF689-201ENST00000287461 3547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KCNIP3-202ENST00000360990 2798 ntTSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MYO7A-205ENST00000458637 7336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PIK3R1-213ENST00000521657 3891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KCNMA1-265ENST00000639591 3888 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 OSBPL1A-201ENST00000319481 4195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ZBTB20-211ENST00000471418 3133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 RBM10-206ENST00000628161 3105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 MRVI1-201ENST00000423302 6126 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 SIRT5-203ENST00000379262 2339 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 PGBD2-202ENST00000355360 2879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ZBED8-201ENST00000408953 2851 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 DLL1-201ENST00000366756 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 C1S-202ENST00000360817 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 LMBR1L-201ENST00000267102 2934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 RAD1-203ENST00000382038 5770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 HERC5-201ENST00000264350 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC9.48□□□□□ -0.89
LINC00643Q86TS7 AC003958.1-201ENST00000435883 421 ntBASIC9.48□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms