Protein–RNA interactions for Protein: P54753

EPHB3, Ephrin type-B receptor 3, humanhuman

Predictions only

Length 998 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EPHB3P54753 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
EPHB3P54753 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
EPHB3P54753 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
EPHB3P54753 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
EPHB3P54753 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 GPR17-202ENST00000393018 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
EPHB3P54753 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms