Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RN7SL720P-201ENST00000488178 304 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 BX324167.1-201ENST00000451118 805 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 BORCS5-201ENST00000298571 549 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 MARK2P5-201ENST00000507649 634 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
HOXC9P31274 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms