RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000353258.7

GDE1-201, Transcript of glycerophosphodiester phosphodiesterase 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene GDE1, Length 2,958 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GDE1-201ENST00000353258 NISCHQ9Y2I1 1504 aa33.97■■■■□ 3.03
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GDE1-201ENST00000353258 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP28.67■■■□□ 2.18
GDE1-201ENST00000353258 DCAF8L2P0C7V8 631 aa28.48■■■□□ 2.15
GDE1-201ENST00000353258 HRCP23327 699 aa28.39■■■□□ 2.14
GDE1-201ENST00000353258 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP28.34■■■□□ 2.13
GDE1-201ENST00000353258 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP27.81■■■□□ 2.04
GDE1-201ENST00000353258 PCGF6Q9BYE7 350 aa27.78■■■□□ 2.04
GDE1-201ENST00000353258 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa27.77■■■□□ 2.04
GDE1-201ENST00000353258 MYO15BQ96JP2 1530 aa27.68■■■□□ 2.02
GDE1-201ENST00000353258 CHIC1Q5VXU3 224 aa27.45■■□□□ 1.99
GDE1-201ENST00000353258 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP27.45■■□□□ 1.99
GDE1-201ENST00000353258 SCRIBQ14160 1630 aa27.23■■□□□ 1.95
GDE1-201ENST00000353258 ABCC9O60706 1549 aa27.17■■□□□ 1.94
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GDE1-201ENST00000353258 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.83■■□□□ 1.89
GDE1-201ENST00000353258 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa26.82■■□□□ 1.88
GDE1-201ENST00000353258 NACADO15069 1562 aa26.81■■□□□ 1.88
GDE1-201ENST00000353258 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP26.65■■□□□ 1.86
GDE1-201ENST00000353258 CECR2Q9BXF3 1484 aa26.6■■□□□ 1.85
GDE1-201ENST00000353258 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.56■■□□□ 1.84
GDE1-201ENST00000353258 MROH2BQ7Z745 1585 aa26.45■■□□□ 1.83
GDE1-201ENST00000353258 MYT1Q01538 1121 aa26.38■■□□□ 1.81
GDE1-201ENST00000353258 TRIM41Q8WV44 630 aa26.34■■□□□ 1.81
GDE1-201ENST00000353258 WIZO95785 1651 aa26.32■■□□□ 1.8
GDE1-201ENST00000353258 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP26.24■■□□□ 1.79
GDE1-201ENST00000353258 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP26.21■■□□□ 1.79
GDE1-201ENST00000353258 NEUROD1Q13562 356 aa26.14■■□□□ 1.78
GDE1-201ENST00000353258 UNC13AQ9UPW8 1703 aa26.11■■□□□ 1.77
GDE1-201ENST00000353258 EHMT2Q96KQ7 1210 aa26.11■■□□□ 1.77
GDE1-201ENST00000353258 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP26.1■■□□□ 1.77
GDE1-201ENST00000353258 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa26■■□□□ 1.75
GDE1-201ENST00000353258 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP25.99■■□□□ 1.75
GDE1-201ENST00000353258 SMARCA4P51532 1647 aa25.93■■□□□ 1.74
GDE1-201ENST00000353258 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP25.86■■□□□ 1.73
GDE1-201ENST00000353258 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP25.82■■□□□ 1.72
GDE1-201ENST00000353258 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP25.77■■□□□ 1.72
GDE1-201ENST00000353258 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.76■■□□□ 1.71
GDE1-201ENST00000353258 CCDC88BA6NC98 1476 aa25.76■■□□□ 1.71
GDE1-201ENST00000353258 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP25.73■■□□□ 1.71
GDE1-201ENST00000353258 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.72■■□□□ 1.71
GDE1-201ENST00000353258 SMARCA2P51531 1590 aa25.7■■□□□ 1.71
GDE1-201ENST00000353258 ABCC8Q09428 1581 aa25.69■■□□□ 1.7
GDE1-201ENST00000353258 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP25.67■■□□□ 1.7
GDE1-201ENST00000353258 SOGA1O94964 1423 aa25.39■■□□□ 1.65
GDE1-201ENST00000353258 PEG3Q9GZU2 1588 aa25.36■■□□□ 1.65
GDE1-201ENST00000353258 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP25.33■■□□□ 1.65
GDE1-201ENST00000353258 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa25.32■■□□□ 1.64
GDE1-201ENST00000353258 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa25.29■■□□□ 1.64
GDE1-201ENST00000353258 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.27■■□□□ 1.64
GDE1-201ENST00000353258 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.23■■□□□ 1.63
GDE1-201ENST00000353258 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.63
GDE1-201ENST00000353258 CSRNP3Q8WYN3 585 aa25.2■■□□□ 1.63
GDE1-201ENST00000353258 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP25.19■■□□□ 1.62
GDE1-201ENST00000353258 UBTFP17480 764 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
GDE1-201ENST00000353258 CEP162Q5TB80 1403 aa25.14■■□□□ 1.61
GDE1-201ENST00000353258 SYNJ1O43426 1573 aa25.11■■□□□ 1.61
GDE1-201ENST00000353258 EEA1Q15075 1411 aa25.09■■□□□ 1.61
GDE1-201ENST00000353258 MIER1Q8N108 512 aa25.07■■□□□ 1.6
GDE1-201ENST00000353258 TNIKQ9UKE5 1360 aa25.06■■□□□ 1.6
GDE1-201ENST00000353258 GOLGA3Q08378 1498 aa24.98■■□□□ 1.59
GDE1-201ENST00000353258 CEP164Q9UPV0 1460 aa24.85■■□□□ 1.57
GDE1-201ENST00000353258 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP24.85■■□□□ 1.57
GDE1-201ENST00000353258 NCAPD3P42695 1498 aa24.82■■□□□ 1.56
GDE1-201ENST00000353258 HMGXB3Q12766 1538 aa24.78■■□□□ 1.56
GDE1-201ENST00000353258 KIF21BO75037 1637 aa24.78■■□□□ 1.56
GDE1-201ENST00000353258 TOP2BQ02880 1626 aa24.77■■□□□ 1.56
GDE1-201ENST00000353258 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa24.77■■□□□ 1.56
GDE1-201ENST00000353258 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP24.75■■□□□ 1.55
GDE1-201ENST00000353258 ANP32EQ9BTT0 268 aa24.73■■□□□ 1.55
GDE1-201ENST00000353258 BCL11AQ9H165 835 aa24.73■■□□□ 1.55
GDE1-201ENST00000353258 CLIP1P30622 1438 aa24.73■■□□□ 1.55
GDE1-201ENST00000353258 CLSPNQ9HAW4 1339 aa24.68■■□□□ 1.54
GDE1-201ENST00000353258 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa24.67■■□□□ 1.54
GDE1-201ENST00000353258 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa24.65■■□□□ 1.54
GDE1-201ENST00000353258 CUX1P39880 1505 aa24.63■■□□□ 1.53
GDE1-201ENST00000353258 CFTRP13569 1480 aa24.59■■□□□ 1.53
GDE1-201ENST00000353258 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP24.57■■□□□ 1.52
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GDE1-201ENST00000353258 APLP2Q06481 763 aa24.52■■□□□ 1.52
GDE1-201ENST00000353258 PRXQ9BXM0 1461 aa24.47■■□□□ 1.51
GDE1-201ENST00000353258 KIF27Q86VH2 1401 aa24.45■■□□□ 1.51
GDE1-201ENST00000353258 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.41■■□□□ 1.5
GDE1-201ENST00000353258 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.4■■□□□ 1.5
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GDE1-201ENST00000353258 PRDM2Q13029 1718 aa24.35■■□□□ 1.49
GDE1-201ENST00000353258 ARAP1Q96P48 1450 aa24.33■■□□□ 1.49
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GDE1-201ENST00000353258 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP24.25■■□□□ 1.47
GDE1-201ENST00000353258 FGD5Q6ZNL6 1462 aa24.24■■□□□ 1.47
GDE1-201ENST00000353258 BCANQ96GW7 911 aa24.21■■□□□ 1.47
GDE1-201ENST00000353258 IGF1RP08069 1367 aa24.21■■□□□ 1.47
GDE1-201ENST00000353258 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.17■■□□□ 1.46
GDE1-201ENST00000353258 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa24.17■■□□□ 1.46
GDE1-201ENST00000353258 NESP48681 1621 aa24.14■■□□□ 1.46
GDE1-201ENST00000353258 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa24.13■■□□□ 1.45
GDE1-201ENST00000353258 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
GDE1-201ENST00000353258 KCNH8Q96L42 1107 aa24.08■■□□□ 1.45
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