Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC010181.2-201ENST00000483759 482 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 NUDT4P2-201ENST00000578341 546 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 UBE2Q2P6-202ENST00000617217 443 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 CSF3-201ENST00000225474 1509 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HLA-CQ95604 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 HLA-DQB2-232ENST00000437316 1214 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC090502.4-201ENST00000551714 1386 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 HIST2H2BA-201ENST00000412169 381 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ATP2A1-AS1-201ENST00000561547 558 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AL118516.1-201ENST00000564152 670 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 KC6-207ENST00000600644 2311 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HLA-CQ95604 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms