Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
NUP88Q99567 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SNX6-202ENST00000396526 3398 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
NUP88Q99567 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms