Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TMPRSS3-204ENST00000433957 2403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 MED20-201ENST00000265350 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
CLIP3Q96DZ5 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms