Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIG1P18858 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 UCKL1-AS1-201ENST00000623569 3602 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIG1P18858 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIG1P18858 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIG1P18858 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms