Protein–RNA interactions for Protein: Q9BT78

COPS4, COP9 signalosome complex subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPS4Q9BT78 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COPS4Q9BT78 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms