Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC14.4□□□□□ -0.19e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 COPS6-206ENST00000468499 745 ntTSL 314.4□□□□□ -0.19e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC14.34□□□□□ -0.119e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMA5-203ENST00000484563 1503 ntTSL 214.31□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-201ENST00000436010 7501 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-213ENST00000540398 641 ntTSL 314.29□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-216ENST00000528615 2692 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-218ENST00000545220 553 ntTSL 414.28□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GATAD2A-203ENST00000404158 5776 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-222ENST00000622474 549 ntTSL 214.27□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-215ENST00000622599 2881 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-207ENST00000593475 2908 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GSE1-209ENST00000479488 649 ntTSL 214.23□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 OFD1-203ENST00000380567 3736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.139e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-210ENST00000511832 1509 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-219ENST00000531879 2922 ntTSL 214.16□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 QTRT1-203ENST00000585885 875 ntTSL 314.16□□□□□ -0.149e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CDC6-201ENST00000209728 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.09□□□□□ -0.159e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RPAP1-208ENST00000565167 1712 ntTSL 1 (best)14.07□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-201ENST00000266563 3252 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AC004223.3-203ENST00000592181 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.03□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AKNA-201ENST00000223791 4414 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.163e-6■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-213ENST00000618846 7483 ntTSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-212ENST00000618833 7492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.169e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCAM-209ENST00000528976 722 ntTSL 313.99□□□□□ -0.179e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.179e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-216ENST00000610597 491 ntTSL 413.91□□□□□ -0.189e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.199e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCNG2-202ENST00000395640 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.199e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMC4-203ENST00000593455 1532 ntTSL 513.8□□□□□ -0.22e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-215ENST00000617874 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.76□□□□□ -0.219e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SUCLG2-201ENST00000307227 2352 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCAM-201ENST00000264036 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RNF24-202ENST00000358395 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CLCN2-218ENST00000637258 626 ntTSL 413.66□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMC4-201ENST00000157812 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.222e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-201ENST00000357613 4959 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC26A11-214ENST00000574967 547 ntTSL 413.61□□□□□ -0.239e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RNF24-201ENST00000336095 7453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.249e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.249e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.269e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AKNA-202ENST00000307564 7380 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AKNA-203ENST00000312033 3334 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.273e-6■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GATAD2A-201ENST00000358713 5510 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.279e-7■■■■■ 44.5
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SF3A3Q12874 MCAM-208ENST00000528533 3164 ntTSL 513.29□□□□□ -0.289e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-216ENST00000588594 1409 ntTSL 213.27□□□□□ -0.299e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NT5DC2-204ENST00000462261 1619 ntTSL 213.27□□□□□ -0.299e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYPLA2-206ENST00000420982 614 ntTSL 313.24□□□□□ -0.299e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCAM-202ENST00000524940 206 ntTSL 313.23□□□□□ -0.299e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TBL3-207ENST00000569792 856 ntTSL 513.21□□□□□ -0.299e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-220ENST00000532868 3118 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.39e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-205ENST00000568559 4345 ntTSL 1 (best)13.19□□□□□ -0.39e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.39e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYPLA2-209ENST00000492577 717 ntTSL 313.15□□□□□ -0.39e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MAN2C1-209ENST00000563013 849 ntTSL 513.1□□□□□ -0.319e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM51-AS1-202ENST00000404665 2780 ntTSL 1 (best)13.09□□□□□ -0.319e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRKACA-203ENST00000536649 1524 ntTSL 213.09□□□□□ -0.319e-7■■■■■ 44.5
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SF3A3Q12874 CSNK1E-209ENST00000431632 763 ntTSL 213.01□□□□□ -0.332e-12■■■■■ 44.5
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SF3A3Q12874 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.359e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MAN2C1-210ENST00000563058 592 ntTSL 412.86□□□□□ -0.359e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.359e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GSE1-207ENST00000469381 5885 ntTSL 212.84□□□□□ -0.359e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-215ENST00000542539 848 ntTSL 512.79□□□□□ -0.369e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-202ENST00000345365 9988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.379e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ZC3H18-208ENST00000566496 1949 ntTSL 212.76□□□□□ -0.379e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYRM4-204ENST00000463032 1487 ntTSL 1 (best)12.65□□□□□ -0.389e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GATAD2A-205ENST00000418032 3480 ntTSL 212.57□□□□□ -0.49e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 EP400-208ENST00000611841 3129 ntTSL 512.55□□□□□ -0.49e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC26A11-210ENST00000572226 623 ntTSL 312.53□□□□□ -0.49e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-202ENST00000473581 3278 ntTSL 212.52□□□□□ -0.419e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAB2-204ENST00000554839 569 ntTSL 312.5□□□□□ -0.419e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCNG2-206ENST00000512918 578 ntTSL 212.5□□□□□ -0.419e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMC4-202ENST00000455878 1333 ntTSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.422e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DPH7-209ENST00000477690 1220 ntTSL 312.39□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ANKRD27-203ENST00000586693 557 ntTSL 312.39□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SFXN5-212ENST00000475630 422 ntTSL 312.39□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AC009163.4-203ENST00000566594 254 ntTSL 212.35□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AC009163.4-202ENST00000561887 137 ntTSL 212.35□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCAM-204ENST00000525586 4865 ntTSL 512.34□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 IZUMO4-212ENST00000610800 707 ntTSL 312.33□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DGKZ-218ENST00000529698 792 ntTSL 312.31□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 POMT2-206ENST00000554767 5457 ntTSL 212.3□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ATP9B-201ENST00000307671 3533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.449e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MAN2C1-238ENST00000568944 591 ntTSL 412.26□□□□□ -0.453e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RDH13-219ENST00000591960 1328 ntTSL 512.24□□□□□ -0.459e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 REXO1-203ENST00000586343 718 ntTSL 512.21□□□□□ -0.459e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 POMT2-209ENST00000555134 873 ntTSL 312.15□□□□□ -0.469e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LBHD1-204ENST00000431002 2915 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.12□□□□□ -0.479e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-201ENST00000376423 3031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.479e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 DOT1L-205ENST00000478937 638 ntTSL 312.07□□□□□ -0.489e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-211ENST00000619107 904 ntTSL 512.02□□□□□ -0.499e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LBHD1-203ENST00000415855 821 ntAPPRIS ALT2 TSL 312.01□□□□□ -0.499e-7■■■■■ 44.5
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