Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
LIG3P49916 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
LIG3P49916 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
LIG3P49916 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIG3P49916 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG3P49916 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG3P49916 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG3P49916 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG3P49916 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
LIG3P49916 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
LIG3P49916 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
LIG3P49916 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
LIG3P49916 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
LIG3P49916 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
LIG3P49916 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG3P49916 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG3P49916 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG3P49916 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
LIG3P49916 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms