Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL5A1P20908 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL5A1P20908 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL5A1P20908 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL5A1P20908 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms