Protein–RNA interactions for Protein: Q13838

DDX39B, Spliceosome RNA helicase DDX39B, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 428 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX39BQ13838 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
DDX39BQ13838 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.4 ms