Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 TRIM71-201ENST00000383763 8685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LINC01250-201ENST00000457478 2344 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
DKK3Q9UBP4 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms