Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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VPS39Q96JC1 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 ZNF516-201ENST00000443185 8118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
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VPS39Q96JC1 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
VPS39Q96JC1 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
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