Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 FAM8A1-201ENST00000259963 4677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC39Q9UFE4 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms