Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
HIF3AQ9Y2N7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HIF3AQ9Y2N7 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.8 ms