Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VPS54Q9P1Q0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
VPS54Q9P1Q0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS54Q9P1Q0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS54Q9P1Q0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms