Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCAL1Q9NZC9 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCAL1Q9NZC9 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCAL1Q9NZC9 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.8 ms