Protein–RNA interactions for Protein: Q9BT78

COPS4, COP9 signalosome complex subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPS4Q9BT78 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
COPS4Q9BT78 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
COPS4Q9BT78 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COPS4Q9BT78 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms