Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SYNE3Q6ZMZ3 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SYNE3Q6ZMZ3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SYNE3Q6ZMZ3 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 272.5 ms