Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SLC44A4Q53GD3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SLC44A4Q53GD3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SLC44A4Q53GD3 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.4 ms