Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CBR4-201ENST00000306193 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.32□□□□□ -0.921e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 OSGEP-208ENST00000555656 3258 ntTSL 29.02□□□□□ -0.971e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 TP53BP1-215ENST00000571145 431 ntTSL 36.76□□□□□ -1.331e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-215ENST00000566336 686 ntTSL 56.54□□□□□ -1.361e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 AL159163.1-201ENST00000507747 600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.34□□□□□ -1.393e-7■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 NAE1-211ENST00000563253 566 ntTSL 35.13□□□□□ -1.591e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 CBR4-206ENST00000509108 546 ntTSL 33.78□□□□□ -1.81e-6■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-209ENST00000554947 1203 ntTSL 232.38■■■□□ 2.772e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-203ENST00000544691 1507 ntTSL 1 (best)25.88■■□□□ 1.732e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-218ENST00000556262 1960 ntTSL 224.69■■□□□ 1.542e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-220ENST00000556548 2336 ntTSL 224.15■■□□□ 1.462e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.362e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.352e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-215ENST00000555830 418 ntTSL 320.98■□□□□ 0.952e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.882e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ACVR1-207ENST00000434821 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.088e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ACVR1-203ENST00000410057 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.058e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ACVR1-202ENST00000409283 2879 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.03□□□□□ -0.488e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 ACVR1-201ENST00000263640 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.7□□□□□ -0.78e-8■■■■□ 22.5
U2AF1Q01081 BRD2-206ENST00000456339 887 ntTSL 420.06■□□□□ 0.81e-13■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 SAT1-206ENST00000463236 735 ntTSL 38.37□□□□□ -1.071e-11■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 ANGEL1-205ENST00000557179 1427 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.319e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 ANGEL1-201ENST00000251089 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.049e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-209ENST00000548043 4641 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.31e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-201ENST00000257931 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.431e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-203ENST00000440411 4576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.11□□□□□ -0.471e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 ANGEL1-203ENST00000555079 553 ntTSL 511.85□□□□□ -0.519e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-205ENST00000547226 2642 ntTSL 511.72□□□□□ -0.531e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-202ENST00000425394 5372 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.581e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-221ENST00000610546 5301 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.591e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 RALGAPA2-204ENST00000430436 8769 ntTSL 59.76□□□□□ -0.859e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 PAN2-217ENST00000551359 4685 ntTSL 59.53□□□□□ -0.881e-9■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.141e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.091e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.841e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.841e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-202ENST00000355977 3595 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.531e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-207ENST00000371018 3875 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.131e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-203ENST00000357692 4978 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.061e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-201ENST00000355356 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.551e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 MIER1-210ENST00000479067 745 ntTSL 56.09□□□□□ -1.431e-7■■■■□ 22.4
U2AF1Q01081 ATP13A3-208ENST00000485194 586 ntTSL 56.54□□□□□ -1.362e-9■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ATP13A3-211ENST00000619199 5227 ntTSL 2 BASIC5.81□□□□□ -1.482e-9■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ATP13A3-203ENST00000439040 7720 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.71□□□□□ -1.662e-9■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ATP13A3-201ENST00000256031 7322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.38□□□□□ -2.032e-9■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 AC004674.1-201ENST00000458400 739 ntBASIC15.12■□□□□ 0.011e-7■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-203ENST00000460522 1703 ntTSL 224.32■■□□□ 1.483e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-208ENST00000477938 1715 ntTSL 223.54■■□□□ 1.363e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.283e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.183e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-212ENST00000496776 656 ntTSL 320.12■□□□□ 0.813e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-211ENST00000483635 2169 ntTSL 319.61■□□□□ 0.733e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-204ENST00000463964 1874 ntTSL 311.36□□□□□ -0.593e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-206ENST00000474379 1662 ntTSL 1 (best)10.57□□□□□ -0.723e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-209ENST00000478794 475 ntTSL 23.94□□□□□ -1.783e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 LYPLAL1-205ENST00000469590 1701 ntTSL 33.09□□□□□ -1.913e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-215ENST00000478473 895 ntTSL 331.34■■■□□ 2.611e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-213ENST00000471978 478 ntTSL 230.17■■■□□ 2.421e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-206ENST00000428313 2288 ntTSL 1 (best)19.36■□□□□ 0.691e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.61e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-212ENST00000468164 849 ntTSL 517.99■□□□□ 0.471e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-211ENST00000463372 919 ntTSL 317.51■□□□□ 0.391e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 C9orf3-203ENST00000375315 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.041e-6■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-202ENST00000370920 3078 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.441e-7■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-201ENST00000254821 2821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.42□□□□□ -1.541e-7■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 ZRANB2-204ENST00000477096 3677 ntTSL 1 (best)1.75□□□□□ -2.131e-7■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 CENPE-203ENST00000503705 3468 ntTSL 210.44□□□□□ -0.743e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 CENPE-208ENST00000611174 8260 ntTSL 5 BASIC6.15□□□□□ -1.423e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 CENPE-202ENST00000380026 8241 ntTSL 1 (best) BASIC6.01□□□□□ -1.453e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 CENPE-201ENST00000265148 8612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.65□□□□□ -1.833e-8■■■■□ 22.3
U2AF1Q01081 CLK1-203ENST00000409769 1192 ntTSL 2 BASIC5.5□□□□□ -1.531e-7■■■■□ 22.2
U2AF1Q01081 TBCK-204ENST00000394708 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.8□□□□□ -0.042e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TBCK-202ENST00000361687 3312 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.382e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TBCK-203ENST00000394706 3349 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.512e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TBCK-206ENST00000467183 3566 ntTSL 1 (best)11.04□□□□□ -0.642e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TBCK-201ENST00000273980 8101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.7□□□□□ -0.72e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 TBCK-205ENST00000432496 3362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.47□□□□□ -1.212e-6■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LTN1-202ENST00000389194 7749 ntTSL 1 (best) BASIC6.43□□□□□ -1.383e-9■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LTN1-207ENST00000614971 7756 ntTSL 1 (best) BASIC4.98□□□□□ -1.613e-9■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 LTN1-201ENST00000361371 7685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.793e-9■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RPS25-204ENST00000527853 1462 ntTSL 224.28■■□□□ 1.483e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RPS25-201ENST00000524864 1078 ntTSL 218.37■□□□□ 0.533e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 EHMT2-202ENST00000375530 3856 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.493e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RPS25-202ENST00000527673 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.463e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 EHMT2-203ENST00000375537 3965 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.463e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-205ENST00000612748 2585 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.453e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.413e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.313e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RPS25-203ENST00000527791 711 ntTSL 217■□□□□ 0.313e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-207ENST00000613043 574 ntTSL 517■□□□□ 0.313e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-204ENST00000493935 763 ntTSL 416.47■□□□□ 0.233e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-203ENST00000488574 2587 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.053e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 EHMT2-211ENST00000480912 3940 ntTSL 514.35□□□□□ -0.113e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-208ENST00000615790 6394 ntTSL 1 (best) BASIC11.98□□□□□ -0.493e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-206ENST00000612941 6392 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.63e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-209ENST00000617526 6392 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.63e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 PEG10-202ENST00000482108 6618 ntTSL 1 (best) BASIC10.6□□□□□ -0.713e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RPS25-206ENST00000532567 508 ntTSL 27.58□□□□□ -1.23e-7■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 ABCC4-201ENST00000376887 5839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.819e-8■■■■□ 22.1
U2AF1Q01081 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.466e-6■■■■□ 22.1
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 54.6 ms