Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG3P49916 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG3P49916 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG3P49916 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG3P49916 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG3P49916 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG3P49916 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG3P49916 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
LIG3P49916 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIG3P49916 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIG3P49916 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
LIG3P49916 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
LIG3P49916 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
LIG3P49916 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG3P49916 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG3P49916 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG3P49916 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
LIG3P49916 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIG3P49916 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIG3P49916 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
LIG3P49916 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
LIG3P49916 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIG3P49916 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIG3P49916 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIG3P49916 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
LIG3P49916 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
LIG3P49916 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms