Protein–RNA interactions for Protein: O43868

SLC28A2, Sodium/nucleoside cotransporter 2, humanhuman

Predictions only

Length 658 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC28A2O43868 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SLC28A2O43868 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SLC28A2O43868 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms