Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCRBV7S3A2A0A539 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
TCRBV7S3A2A0A539 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms