Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP28Q96RU2 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms