Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms