Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PAPLN-202ENST00000340738 5834 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RHOXF1P1-202ENST00000635473 501 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms