Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CUX1P39880 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC083949.1-201ENST00000422013 657 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 TMEM130-202ENST00000345589 2261 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CUX1P39880 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AL391832.2-201ENST00000418557 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CUX1P39880 PARVB-204ENST00000406477 1569 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 BNIP3P13-201ENST00000599968 566 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 LINC01118-202ENST00000409912 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CUX1P39880 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms